Loka Veteriner Jayapura dibentuk dan berdiri berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 04/Permentan/OT.010/1/2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Loka Veteriner Jayapura yang ditetapkan pada 11 Januari 2018, yang kemudian diubah dengan Permentan nomor 43 tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis lingkup Direktorat Jenderal Peternakan Kesehatan Hewan, dan terakhir melalui P​​​eraturan Menteri Pertanian Nomor 12 tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan. Peningkatan Eselonering Loka Veteriner Jayapura menjadi Balai Veteriner Jayapura telah ditetapkan melalui Permentan 07 Tahun 2024 tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Pertanian Nomor 12 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknnis Lingkup Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan pada 04 Oktober 2024 dan diundangkan pada 09 Oktober 2024.