Balai Veteriner Jayapura sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) dibawah Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan (Ditjen PKH) memiliki visi misi yang berkesinambungan dan mendukung visi dan misi dari Ditjen PKH sebagai berikut:
Visi
“Tumbuh dan Berkembang Untuk Melayani Masyarakat melalui Pengujian Veteriner yang cepat, Tepat dan Akurat”
Misi
1. Pemenuhan SDM yang Kompeten
2. Penggunaan Peralatan Uji yang Modern
3 Pelaksanaan Metode uji yang Mutakhir
4. Pengelolaan Administrasi yang Akuntabel